La Japan Karate Association ou Nihon Karate Kyōkai est fondée en mai 1949. Dès 1956, elle met en place son fameux programme de formation d'instructeurs. Le 26 avril 1957, le Maître Funakoshi Gichin décède. Le 20 octobre de la même année, la JKA organise à Tōkyō le tout premier tournoi de karate-dō.
Après la disparition du Maître, Nakayama Masatoshi Sensei devient, le 10 avril 1958, Chef Instructeur de la JKA. Dès lors, celle-ci connaît un développement considérable. Des experts tels que Nishiyama, Kase, Kanazawa, Shirai, Enoeda et Miyazaki vont s'expatrier pour enseigner et promouvoir leur art sur tous les continents. La JKA devient la plus importante et la plus prestigieuse organisation mondiale de karate-dō, mais aussi la référence technique pour tous les pratiquants. Maître Nakayama meurt le 15 avril 1987.
En 1991, Sugiura Motokuni Sensei est nommé Chef Instructeur. Le 19 mai 2001, un nouveau dōjō central (Honbu Dōjō) est inauguré à Iidabashi, au coeur de Tōkyō. Au printemps 2010, Ueki Masaaki Sensei est désigné, à son tour, Shuseki Shihan par ses pairs.
Depuis 1957, la JKA est la seule organisation au monde (Shadan Hōjin) officiellement reconnue par le gouvernement japonais pour la promotion et le développement du karate-dō.